Video: Ի՞նչ է BAM ինդեքսային ֆայլը:
2024 Հեղինակ: Lynn Donovan | [email protected]. Վերջին փոփոխված: 2023-12-15 23:48
Ա BAM ֆայլ (. բամ ) SAM-ի երկուական տարբերակն է ֆայլ . ՍԱՄ ֆայլ (. sam) ներդիրներով սահմանազատված տեքստ է ֆայլ որը պարունակում է հաջորդականության հավասարեցման տվյալներ: Ինդեքսավորում IGV-ն պահանջում է, որ և՛ SAM-ը, և՛ BAM ֆայլեր դասավորված լինել ըստ դիրքի և ինդեքսավորված , և որ ինդեքսային ֆայլեր հետևեք անվանման հատուկ կոնվենցիային:
Նմանապես, մարդիկ հարցնում են՝ ինչպե՞ս բացել BAM ֆայլը:
Ից Ֆայլ ընտրացանկից Բաց և ընտրել BAM ֆայլեր ձախ կողմից: Ընտրեք կոճակը աջ կողմում, որն ասում է Ավելացնել a BAM ֆայլ . Նավարկեք դեպի ԲԱՄ Փորձարկում Ֆայլեր ձեր ներբեռնած թղթապանակը ընտրեք with_index_with_graph-ով: Սեղմել Բաց , ընտրեք քարտեզը։
Երկրորդ, ինչպես կարող եմ BAM ֆայլը փոխարկել Fastq-ի: Ստորև բերված են BAM ֆայլը FASTQ ձևաչափի փոխարկելու քայլերը: Սա կաշխատի Linux-ում և կպահանջի SAMTOOLS և BEDTOOLS
- Ներբեռնեք SAMTOOLS.
- Քաղեք՝ օգտագործելով Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2:
- Այն կստեղծի թղթապանակ samtools-version անունով:
- Տեղափոխեք գրացուցակ cd samtools-version:
Նմանապես, ինչպե՞ս կարող եմ BAM ֆայլը փոխարկել SAM ֆայլի:
Դեպի փոխարկել SAM դեպի ԲԱՄ , մենք օգտագործում ենք samtools view հրամանը։ Մենք պետք է նշենք, որ մեր մուտքագրումը գտնվում է SAM ձևաչափ (լռելյայն ակնկալում է ԲԱՄ ) օգտագործելով -S տարբերակը: Պետք է նաեւ ասենք, որ ուզում ենք, որ ելքը լինի ԲԱՄ (լռելյայն արտադրում է ԲԱՄ ) -b տարբերակով։
Ի՞նչ է անում Samtools view-ը:
Samtools կոմունալ ծառայությունների մի շարք է, որոնք շահարկում են BAM ձևաչափով հավասարեցումները: Այն ներմուծում և արտահանում է SAM (Sequence Alignment/Map) ձևաչափով, անում է տեսակավորում, միաձուլում և ինդեքսավորում և թույլ է տալիս արագ վերբերել ընթերցումները ցանկացած տարածաշրջանում: Samtools նախատեսված է հոսքի վրա աշխատելու համար:
Խորհուրդ ենք տալիս:
Ի՞նչ է ինդեքսային արագ ամբողջական սկանավորումը:
Ամբողջական ինդեքսների արագ սկանավորումը այլընտրանք է ամբողջական աղյուսակի սկանավորմանը, երբ ինդեքսը պարունակում է բոլոր սյունակները, որոնք անհրաժեշտ են հարցման համար, և առնվազն մեկ սյունակում: ինդեքսի բանալին ունի NOT NULL սահմանափակում: Արագ ամբողջական սկանավորումը մուտք է գործում ինդեքսի տվյալները՝ առանց աղյուսակին մուտք գործելու
Ե՞րբ պետք է ստեղծեմ ինդեքսային տվյալների բազա:
Սյունակի վրա ինդեքսը դանդաղեցնում է ներդիրների, թարմացումների և ջնջումների աշխատանքը: Հաճախակի թարմացվող տվյալների բազան պետք է ունենա ավելի քիչ ինդեքսներ, քան միայն կարդալու համար: Տիեզերական նկատառումներ Ցուցանիշները տեղ են զբաղեցնում տվյալների բազայում: Եթե տվյալների բազայի չափը առաջնային խնդիր է, դուք պետք է ինդեքսներ ստեղծեք խնայողաբար
Ի՞նչ է գործարքի ֆայլը և հիմնական ֆայլը:
Գործարքի ֆայլի սահմանում: գործարքի ֆայլը: Գործարքների գրառումների հավաքածու: Տվյալների փոխգործակցության ֆայլերը օգտագործվում են հիմնական ֆայլերը թարմացնելու համար, որոնք պարունակում են տվյալներ կազմակերպության սուբյեկտների (հաճախորդներ, աշխատակիցներ, վաճառողներ և այլն) վերաբերյալ:
Ի՞նչ է ինդեքսային ֆունկցիայի աղյուսակը:
INDEX() ֆունկցիան վերադարձնում է բաժանման ընթացիկ տողի ինդեքսը՝ առանց արժեքի որևէ տեսակավորման: Երբ INDEX()-ը հաշվարկվում է Date միջնորմում, յուրաքանչյուր տողի ինդեքսը 1, 2, 3, 4… և այլն է: Այսպիսով, եկեք անցնենք Tableau-ի օրինակով, որպեսզի կարողանաք իրականում տեսնել, թե դա ինչ է նշանակում:
Ի՞նչ է ինդեքսային եզակի սկանավորումը:
Պատասխան. Ինդեքսային եզակի սկանավորման ժամանակ Oracle-ը կարդում է ինդեքսի հանգույցները մինչև տերևի հանգույցի մակարդակը և նրանք վերադարձնում են ROWID համապատասխան մեկ տողի համար՝ կանչող SQL-ից: Ահա մի զեկույց, որը թվարկում է ինդեքսների եզակի սկանավորումները, որոնք տեղի են ունենում, երբ Oracle տվյալների բազայի շարժիչն օգտագործում է ինդեքս՝ աղյուսակից որոշակի տող հանելու համար: